Balıkesir'in depremselliği ve fay hatlarının konumu, son dönemde artan sismik aktivitelerle birlikte yeniden gündeme geldi. Kentin kuzeyinde Kuzey Anadolu Fayı'nın güney kolları, orta kesimlerinde Havran-Balya ve Balıkesir fayları, güneyinde ise Simav ve Gelenbe fay zonları yer almaktadır.
Balıkesir, aktif fay sistemlerinin bulunduğu ve yüksek deprem tehlikesi taşıyan iller arasında bulunmaktadır. İl sınırları içerisinde, Türkiye Diri Fay Haritası'na göre 20 fay hattı tanımlanmıştır. Bu fay sistemleri, Balıkesir ve çevresindeki farklı bölgelerde deprem riskinin çeşitlilik gösterdiğini ortaya koymaktadır.
Geçmişte, Türkiye Deprem Bölgeleri Haritası'nda Balıkesir birinci derece deprem bölgesi olarak sınıflandırılıyordu. Ancak, AFAD tarafından 1 Ocak 2019 tarihinde yürürlüğe giren yeni Türkiye Deprem Tehlike Haritası ile eski derece sınıflandırması kaldırılmıştır. Yeni haritada, deprem bölgeleri yerine yerleşim yerlerinin coğrafi koordinatlarına göre en büyük yer ivmesi değerleri esas alınmaktadır.
Balıkesir ve çevresindeki fay sistemleri arasında Edremit Fay Zonu, Havran-Balıkesir Fay Zonu (Havran-Balya Fayı ve Balıkesir Fayı olarak ikiye ayrılır), Simav Fay Zonu ve Gelenbe Fay Zonu öne çıkmaktadır. Özellikle Edremit Fay Zonu'nun 6 Ekim 1944'te yaklaşık 6,8 büyüklüğünde bir depreme neden olduğu belirtilmektedir. Balıkesir Fayı'nın yaklaşık 65 kilometre uzunluğunda olduğu AFAD İl Afet Risk Azaltma Planı'nda yer almaktadır.
Vatandaşlar, AFAD'ın interaktif Türkiye Deprem Tehlike Haritası üzerinden ilçe, mahalle ve koordinat bazında deprem tehlikesi sorgulaması yapabilmektedir.